Обязанности Исполнительного органа Академии выполняет президент, назначаемый Советом глав государств Организации Тюркских государств.
Совет министров иностранных дел Организации Тюркских государств утверждает бюджет Тюркской Академии. Третьи стороны и международные организации могут стать наблюдателями в Тюркской Академии с одобрения Совета министров иностранных дел.
Совет глав государств Организации Тюркских государств получает через Секретариат Организации Тюркских государств Отчет о ходе деятельности Тюркской Академии.
Научный совет
Научный совет собирается один раз в год на уровне министров образования под сопредседательством президента Тюркской Академии и министра образования государства-члена, председательствующего в нем. Заседания Научного совета созывает Президент по согласованию с Председателем Научного совета.
Научный совет обеспечивает оперативное руководство и наблюдение за деятельностью Тюркской Академии в период между ежегодными заседаниями. Совет принимает к сведению Отчет о деятельности Тюркской Академии, а также утверждает Приоритетные направления научно-исследовательских проектов и Годовой план работы Тюркской Академии. Решения Научного совета принимаются большинством голосов.
Члены Научного совета также несут ответственность за координацию соответствующих вопросов Тюркской Академии в своих правительствах и национальных администрациях.
Решения Саммитов Организации Тюркских государств
При планировании своей деятельности Тюркская Академия внимательно следует решениям, принимаемым Советом глав государств Организации Тюркских государств. Тюркская Академия также нацелена на обеспечение соответствия своей деятельности целям, изложенным в стратегическом документе «Видение тюркского мира-2040», разработанный Организацией Тюркских государств.
Заседания Координационного комитета Организаций Тюркского сотрудничества
Тюркская Академия регулярно участвует в заседаниях Координационного комитета Организаций Тюркского сотрудничества, созываемых два раза в год Секретариатом Организации Тюркских государств. Эти встречи успешно способствуют гармонизации действий и определению совместных мер реагирования для Организаций Тюркского сотрудничества.