Türk Devletleri Teşkilatı Devlet Başkanları Konseyi tarafından atanan Başkan, Akademi’nin Yürütme Organı görevini yürütmektedir.
Türk Devletleri Teşkilatı Dışişleri Bakanları Konseyi, Türk Akademisi bütçesini onaylar. Üçüncü taraflar ve uluslararası kuruluşlar, Dışişleri Bakanları Konseyinin onayı ile Türk Akademisi Gözlemcisi olabilirler.
Türk Akademisi Türk Devletleri Teşkilatı Sekretaryası aracılığıyla yıllık faaliyetlerine ilişkin İlerleme Raporu’nu Türk Devletleri Teşkilatı Devlet Başkanları Konseyi’ne iletir.
Bilim Konseyi
Bilim Konseyi yılda bir kez eğitim ve bilimden sorumlu Bakanları düzeyinde toplanır ve Türk Akademisi Başkanı ile Bilim Konseyinin başkanlığını yürüten Üye Devletin eğitim ve bilimden sorumlu Bakanı eş başkanlık eder. Başkan, Bilim Konseyi toplantılarını Bilim Konseyi Başkanlığı ile koordineli olarak düzenler.
Bilim Konseyi, Türk Akademisi’nin faaliyetlerine yönelik rehberlik ve denetim sağlar. Konsey, Türk Akademisi Faaliyetlerine İlişkin Raporu dikkate alarak Bilimsel ve Araştırma Projelerinin Öncelikli Yönergelerini ve Türk Akademisi Yıllık Faaliyet Planını onaylar. Bilim Konseyi’nin kararları çoğunluk esasında alınır.
Bilim Konseyi üyeleri aynı zamanda Türk Akademisi ile ilgili konuların kendi hükûmetleri ve ulusal yönetimler bünyesinde koordine edilmesinden de sorumludur.
Türk Devletleri Teşkilatı Zirve Kararları
Türk Akademisi, faaliyet planını hazırlarken Türk Devletleri Teşkilatı Devlet Başkanları Konseyi'nin aldığı kararları yakından takip eder. Türk Akademisi, faaliyetlerini, Türk Devletleri Teşkilatı’nın ileriye dönük belgesi olan Türk Dünyası 2040 Vizyonu’nun hedefleriyle uyumlu hale getirmeye de özen göstermektedir.
Türk İşbirliği Teşkilatları Koordinasyon Komitesi Toplantıları
Türk Akademisi, Türk Devletleri Teşkilatı Sekretaryası tarafından yılda iki kez düzenlenen Türk İşbirliği Teşkilatları Koordinasyon Komitesi Toplantılarına düzenli olarak katılır. Bu toplantılar, Türk İşbirliği Kuruluşlarının ortak tutumlarının belirlenmesinde ve faaliyetlerinin uyumlaştırılmasında verimli olmuştur.