ТМҰ Мемлекет басшылары кеңесі тарапынан тағайындалатын Президент Академияның атқарушы органының міндеттерін жүзеге асырады.
ТМҰ Сыртқы істер министрлерінің кеңесі Түркі Академиясының бюджетін бекітеді. Сыртқы істер министрлері кеңесінің мақұлдауымен үшінші тараптар мен халықаралық ұйымдар Түркі Академиясының бақылаушылары бола алады.
ТМҰ Мемлекет басшылары кеңесі ТМҰ Хатшылығы арқылы Түркі академиясының жылдық қызметі туралы есебін қабыдайды.
Ғылыми кеңес
Ғылыми кеңес жылына бір рет ғылым және білім министрлері деңгейінде жиналады. Кеңес жиынына Түркі Академиясының президенті мен төрағалық ететін мүше мемлекеттің ғылым және білім министрі тең төрағалық етеді. Академия президенті Ғылыми кеңестің отырысын Ғылыми кеңес төрағасымен келісе отырып ұйымдастырады.
Ғылыми кеңес Түркі Академиясының қызметіне жетекшілік етеді. Кеңес Түркі Академиясының қызметі туралы есепті назарға ала отырып, ғылыми жобалардың басым бағыттарын және Түркі Академиясының жылдық іс-шаралар жоспарын бекітеді. Ғылыми кеңестің шешімдері басым дауыс негізінде қабылданады.
Ғылыми кеңес мүшелері Түркі Академиясының өзекті мәселелерін өздерінің үкіметтері мен әкімшіліктері шеңберінде үйлестіруге де жауапты болады.
Түркі мемлекеттері ұйымы саммиттерінің шешімдері
Түркі Академиясы іс-шаралар жоспарын дайындау кезінде ТМҰ Мемлекет басшылары кеңесі қабылдаған шешімдерді мұқият басшылыққа алады. Түркі Академиясы, сондай-ақ ТМҰ-ның стратегиялық құжаты - «Turkic World Vision-2040» бағдарламасының мақсаттарына сәйкес әрекет етеді.
Түркі ынтымақтастық ұйымдары Үйлестіру комитетінің отырыстары
Түркі Академиясы ТМҰ хатшылығы жылына екі рет ұйымдастыратын Түркі ынтымақтастық ұйымдарының Үйлестіру комитетінің отырыстарына тұрақты түрде қатысады. Бұл кездесулер Түркі ынтымақтастығы ұйымдарының іс-шараларын үйлестіруге және бірлескен ұстаным қалыптастыруға оң әсер етеді.